All modules for which code is available

• iCount.analysis.annotate
• iCount.analysis.clusters
• iCount.analysis.peaks
• iCount.analysis.rnamaps
• iCount.analysis.summary
• iCount.cli
• iCount.demultiplex
• iCount.examples
• iCount.externals.cutadapt
• iCount.externals.star
• iCount.files
• iCount.files.bed
• iCount.files.bedgraph
• iCount.files.fasta
• iCount.files.fastq
• iCount.genomes.ensembl
• iCount.genomes.gencode
• iCount.genomes.segment
• iCount.mapping.filters
• iCount.mapping.xlsites
• iCount.metrics