Python package ============== .. automodule:: iCount Two attributes and associated environment variables define where output and temporary files will be stored: .. autodata:: iCount.OUTPUT_ROOT .. autodata:: iCount.TMP_ROOT .. automodule:: iCount.genomes .. automodule:: iCount.demultiplex .. automodule:: iCount.mapping .. automodule:: iCount.analysis .. automodule:: iCount.externals .. automodule:: iCount.files .. automodule:: iCount.metrics .. automodule:: iCount.examples .. automodule:: iCount.cli Indices ------- * :ref:`genindex` * :ref:`modindex`